Mimo, iż zastosowanie komórek macierzystych, zwłaszcza wykorzystanie ich w dziedzinie medycy, to bez wątpienia ogromna korzyść wynikająca z dużej skuteczności wyleczania schorzeń, nie brakuje wielu kontrowersji, wynikających głównie z etycznej strony dotyczącej ich stosowania. Sprzeciwy natury etycznej wynikają z faktu, iż pozyskanie komórek macierzystych następuje poprzez zniszczenie zarodka ludzkiego bądź też z poronionych płodów ludzkich. Z racji tego, że w chwili poczęcia płód ma już własne DNA a więc ściśle określoną tożsamość, a podstawowym prawem człowieka jest prawo do życia, względy etyczne nie pozwalają na zaakceptowania zastosowania, uwzględniając metody poboru, komórek macierzystych. Główny problem tkwi więc w pobieraniu komórek macierzystych. Pojawiają się więc spore, uzasadnione sprzeczności pomiędzy ratowaniem życia, a tak naprawdę traceniem innego. Obecnie prowadzonych jest wiele badań, mających na celu uzyskiwanie komórek macierzystych w inny sposób, będący zgodny z etycznymi poglądami na temat ludzkiego życia.